S21 có diện tích 600x400m và đã từng giam hơn 17000 người, chỉ có 14 người còn sống sót. Nhà tù bao gồm 4 dãy nhà chính và một số ngôi nhà xung quanh, vốn là trụ sở, phòng tra hỏi và tra tấn tù nhân của chính quyền Khmer Đỏ. Năm 1962, S21 vốn là trường trung học Ponhea Yat. Đến thời kỳ chế độ Lon Nol, một chế độ cộng hoà được chính phủ Mỹ hậu thuẫn vào những năm 1970, trường được đổi tên thành Trường trung học Toul Svay Prey. Đến tháng 5.1976, trường được chính quyền Khmer Đỏ cải hoán thành nhà tù với tên gọi Nhà tù an ninh S21.

Theo các tài liệu mà Trung tâm Tư liệu Campuchia tìm được, S21 được thiết kế đặc biệt để dành cho việc tra hỏi và tiêu diệt các phần tử "phản bội".Trong suốt 4 năm cầm quyền của mình, nơi đây giam giữ tổng cộng 10.499 nghìn người (chưa tính khoảng 2.000 trẻ em bị giết) gồm nhiều quốc tịch như Việt Nam, Lào, Thái, Ấn Độ, Pakistan, Anh, Mỹ, Canada, New Zealand, Úc, nhưng phần lớn là người Campuchia.

Họ là công nhân, nông dân, kỹ sư, thợ cơ khí, dân trí thức, giáo viên, giáo sư, học sinh và thậm chí là công sứ, nhân viên ngoại giao. Toàn bộ thành viên gia đình của nạn nhân, kể cả trẻ em mới đẻ cũng bị đưa vào giam giữ trong nhà tù. Số người sống sót tại nhà tù này chiếm chưa đầy một nửa.

Những dãy buồng giam dài được xây kín bằng gỗ, gạch, san sát nhau chìm trong bóng tối. , những tù nhân bị giam giữ trong buồng giam nhỏ có diện tích 0,8x2m bị xích chân bằng sợi xích to chôn chặt vào tường hoặc nền nhà xi măng; còn những nạn nhân bị giam trong buồng giam lớn có diện tích 8x6m bị xích một hoặc cả hai chân vào những thanh cùm ngắn hoặc dài.

Cùm nhỏ dài chừng 0,8-1m được thiết kế để xích khoảng 4 người còn cùm dài 6m thì xích 20-30 người. Mọi nạn nhân đều phải nằm ngủ trên sàn nhà lạnh lẽo. 4.30 mỗi sáng, mọi nạn nhân phải thức dậy, kéo quần xuống tận đầu gối để cai tù kiểm tra, sau đó phải thực hiện một số động tác thể dục như đứng lên ngồi xuống, giơ tay cao cho dù chân vẫn bị cùm.

Mỗi ngày cai tù kiểm tra nạn nhân 4 lần và thay ngay mọi cùm bị lỏng. Nếu nạn nhân nào vi phạm các quy định mà chúng đề ra sẽ bị phạt từ 20-60 gậy. Muốn thay đổi tư thế khi ngủ, nạn nhân cũng phải xin phép của cai tù. Cách 2-3 ngày hoặc thậm chí nửa tháng nạn nhân mới được tắm v.v...